В  интервью газеты «Факты» Наливайченко в общих чертах рассказал о своей учебе в Институте разведки им. Андропова, где и получил свое второе высшее образование. «В Институте Андропова я был последним слушателем из Украины. У меня был выбор — остаться там или возвращаться. Я сказал: «Нет, у меня в Украине родители, буду возвращаться», — поведал тогда нынешний и.о. главы СБУ. Однако вместо поставленной точки над «i» лишь появились новые вопросы. Так почему, все же, в официальной биографии Наливайченко места для упоминания об учебе в «лесной школе» СВР не нашлось? Почему свое «признание», напоминающее своего рода игру на опережение (иначе трудно оценить подобное заявление, которому предшествовало столь длительное замалчивание) Наливайченко сделал лишь тогда, когда вал разнообразных слухов и намеков о его прошлом стал так интенсивно расти, угрожая перерасти во что-то действительно опасное? Нужно отметить, что этому весьма способствовали многочисленные внутриведомственные и политические скандалы, где фигурировал глава СБУ, вследствие которых оппоненты грозили вылить на Наливайченко «ушат грязи» из не столь уж далекого прошлого, характеризующие Наливайченко как «типичного гэбэшного провокатора».

Почему же так упорно отмалчивался по поводу своей принадлежности к рядам спецслужбы Наливайченко? Ведь сам по себе факт получения диплома 101-й школы не есть преступление и отнюдь крест на карьере (закон о люстрации-то в Украине не был принят), и, в тоже время, очевидно ведь, что информация об этом рано или поздно всплыла бы – уж слишком много свидетелей. Возможно, ответ следует искать где-то в особенности академии им. Андропова, того, что эксперты часто называют ее наиболее уязвимым местом: неоправданная концентрация в одном месте полностью секретных кадров, когда «засветка» (перевербовка) одного могла стоить карьеры едва ли не всем сослуживцам. Все это способствовало развитию среди разведчиков специфических неформальных связей, более того, есть данные о том, что еще в разгар холодной войны внутри СВР действовали свои «группы влияния», «мафии», где кучковались связанные общими интересами разведчики. Нет никаких оснований уверенно утверждать, что эти «сети» были разрушены вместе с советским союзом и уничтожением ПГУ. Чему служат они сейчас? Бизнесу? Политике? В любом случае, представляется, что и данный вопрос не мешало бы проверить украинским компетентным органам.