16 июня 2010 (когда начались первые аресты соратников Тимошенко) Виктор Бондарь сделал заявление, что вообще уходит из политики.

Тем не менее, 24 декабря 2010 Бондарь был арестован — дело возбуждено по признакам преступлений, предусмотренных ч.5 ст.27, ч.2 ст.194 и ст.353 Уголовного кодекса Украины (пособничество в умышленном уничтожении чужого имущества, имущественный ущерб в особо крупных размерах, сопряженное с самовольным присвоением властных полномочий). Согласно материалам дела, эти действия повлекли ущерб государству на сумму более пяти с половиной миллионов гривен. Большинство экспертов склоняются к мнению, что арест был политически мотивированным и носил незаконный характер. Виктора Бондаря обвинили в пособничестве в умышленном уничтожении незавершенного строительства автовокзала «Теремки» в Киеве в 2006 году (тогда Бондарь работал в правительстве Еханурова в должности заместителя министра транспорта Евгения Червоненко), мол, его действия повлекли убытки государству на сумму более пяти с половиной миллионов гривен (то есть около $ 1 млн). Его арест генпрокурор Пшонка прокомментировал как доказательство того, что «власть Януковича» арестовывает не только оппозиционеров, но и «чиновников своего правительства». Таким образом Пшонка пытался оправдать преступные действия тогдашнего правительства и отвлечь внимание от «политических» арестов оппозиции.

Под арестом Бондарь находился всего несколько дней, а уже 28 декабря 2010 его освободили под «подписку о невыезде».

Несмотря на «подписку о невыезде» и следствие, Бондарь не был освобожден от должности заместителя председателя Таможенной службы. 23 марта 2011 Указами Президента Януковича с занимаемых должностей освобождены заместители председателя Государственной таможенной службы: Виктор Бондарь, Сергей Семка, Игорь Тимофеев, Геннадий Георгиенко, Павел Пашко, но все они по приказу главы ГТСУ Игоря Калетника преназначены директорами департаментов ГТСУ. То есть Бондарь продолжал работать руководителем департамента Государственной таможенной службы.

Только 27 сентября 2012 стало известно, что ещё в сентябре 2011 года — дело против Бондаря закрыли «за отсутствием состава преступления».