С начала 2000-х Червоненко сопровождали скандалы, критические публикации, негативные высказывания коллег-политиков.

Однако первое упоминание о злоупотреблениях Червоненко уходит в 90-е годы, когда его мошеннические схемы по производству и экспорту пива вызвали неуплату налогов в особо крупных размерах. Но впоследствии дело замяли, а протоколы проверки переписали.

В 2001 году Госрезерв под руководством Червоненко не выполнил распоряжение об отгрузке зерна для ЗАО «Киевмлын», потому что необходимого количества не было в наличии. Однако перед этим фирма его младшего брата получала зерно по заниженной стоимости, в том числе для вывоза за границу. В апреле 2001 года было возбуждено уголовное дело, а в марте следующего года Червоненко объявили в розыск. Подозреваемый дождался своего избрания народным депутатом, приехал к следователю, и впоследствии его дело было закрыто.

В 2002 году налоговая обнаружила злоупотребления на предприятии «Орлан-транс-групп», а прокуратура возбудила уголовное дело по реализации зерна из Госрезерва для предприятия брата Евгения Игоря Червоненко по убыточной цене. В ответ подозреваемый обвинил прокуратуру в антисемитизме, выполнении политического заказа, отказался подписывать документы и при содействии депутатов «Нашей Украины» добился закрытия этих дел.

Гораздо больше хлопот нанесло политику расследование журналиста Дмитрия Понамарчука, который установил у Червоненко гражданство Израиля. Это произошло во время парламентских выборов 2002 года. Журналист обратился в ЦИК с требованием снять с регистрации кандидата в депутаты. В ответ Червоненко все опровергал, заявил, что оформление указанных документов сфабриковано его врагами. Он сумел получить мандат нардепа, пока устанавливали правдивость приведенных фактов. Когда в 2004 году наличие у политика израильского паспорта была официально подтверждено, Администрация Президента начала готовить указ о лишении Евгения Червоненко украинского гражданства. Однако бурные события Оранжевой революции не дали довести это дело до конца.

Очередной коррупционный скандал в сентябре 2005 года вызвало лоббирование министром транспорта и связи интересов компании «Укртрансконтейнер», хотя Червоненко пытался доказать, что соглашение между этой фирмой и Ильичевским портом выгодно для государства.

Грязным и шумным скандалом сопровождался  развод Червоненко с женой в 2007 году. Руководитель Запорожской ОГА использовал все связи, чтобы отобрать у бывшей супруги не только часть совместно нажитого имущества, но и все подарки, ее личные вещи, даже предметы одежды.

А после 2014 года политик начал специализироваться на скандалах в телевизионных студиях. Он ругался с Татьяной Чорновол, Инной Богословской, Саакашвили, Ларисой Ницой, Надеждой Савченко, Алексеем Гончаренко. Особенно разозлил Червоненко Сергей Стерненко. Во время теледебатов на одном из одесских телеканалов экс-министр затмил российских пропагандистов Киселева, Соловьева со Скабеевой в придачу. Не приводя никаких доказательств, он назвал активиста последователем Гитлера, антисемитским погромщиком, «крышей» для одесских наркоторговцев. Червоненко заявил, что Стерненко — убийца с холодными глазами, и такие, как он, расстреливали людей в Бабьем Яру. Никаких контраргументов скандалист не слушал. Спокойствие Стерненко настолько выводило его из себя, что он едва не бросался с кулаками на своего визави. Особенно разозлил Червоненко факт участия активиста в организации запрета выступлений российских артистов, причем сам не скрывал, что его товарищ Лепс — пылкий сторонник аннексии Крыма. Даже в Одессе, где сторонников радикальных националистов не так уж много, симпатии зрителей разделились пополам (очевидно, многим были заметны проблемы Червоненко с логикой и здравым смыслом).

Скандалы вызывали и его неадекватные заявления последних лет. Так, в 2020 году он сказал, что украинцы для Запада даже хуже, чем рабы, и только вместе с Россией наша страна может рассчитывать на будущее. В том же году, когда украинская власть осудила действия Лукашенко на выборах, массовое насилие после окончания кампании и не признала его легитимным президентом, Червоненко назвал руководителей страны «дебилами». Очевидно, процесс превращения его в политического маргинала подходит к концу.