С 2003 года вокруг Алексея Пукача, ставшего фигурантом дела о похищении и убийстве известного украинского журналиста Георгия Гонгадзе, разгорелся скандал. Генпрокуратура Украины задержала Пукача по обвинению в уничтожении документов, свидетельствующих о ведении в мае-июле 2000 года слежки за Г. Гонгадзе. Следователей заинтересовал факт получения им в 2003 году новой трехкомнатной квартиры в элитном доме столицы. С ноября того же года  Пукач, выйду под подписку о невыезде, исчез на долгих шесть лет — с 2003 по 2009 год. ГПУ объявила его в международный розыск, а в 2005-м заочно предъявила еще обвинение в убийстве журналиста.

Сотрудниками СБУ 21 июля 2009 года был произведен арест Пукача, скрывавшегося под именем Петра в с. Молочки Чудновского района Житомирской области (с сожительницей и ее сыном). Пукача спрятали в неизвестном месте в столице, где бойцы спецподразделения СБУ «Альфа» круглосуточно несли охрану.

На следующий день, 22 июля, заместитель шефа СБУ Василий Грицак заявил о готовности Пукача к сотрудничеству со следствием.

Один из инициаторов так называемого «кассетного скандала» Николай Мельниченко утверждал, что показания Пукача могут повлиять на привлечение к уголовной ответственности спикера украинского парламента Владимира Литвина. Была усилена охрана и А. Пукача, и Н. Мельниченко.

24 июля 2009-го Пукачу официально избрали меру пресечения: содержание под стражей сроком на 2 месяца, и предъявили обвинения.

27 июля 2009-го его адвокат Сергей Осыка сообщил об отказе Пукача от его услуг на период предварительного следствия в пользу предоставляемого государством защитника, что он объяснил оказанным на  Пукача давлением либо потерей адекватности.

Следствие, завершившееся 6 декабря 2010 года, установило, что Пукач, получив от тогдашнего главы МВД Украины Юрия Кравченко приказ о ликвидации Г. Гонгадзе, 17 сентября 2000-го совершил это убийство во главе преступной группы, в состав которой входили работники ГУ МВД Украины Валерий Костенко, Александр Поповича и Николай Протасов (в 2008-м первые двое были приговорены судом к 12 годам заключения, третий получил 13 лет лишения свободы).

29 января 2013-го судом Пукач был признан виновным в превышении власти или служебных полномочий, сопровождавшемся насилием, и умышленном убийстве при отягощающих обстоятельствах, совершенном группой лиц по предварительному сговору. Его приговорили к пожизненному лишению свободы и конфискации принадлежащего ему имущества. С подсудимого было взыскано 500 тысяч гривен в пользу Мирославы Гонгадзе, и еще 100 тысяч гривен — в пользу журналиста Алексея Подольского (одного из потерпевших).

На вопрос судьи, согласен ли он с приговором, Пукач дословно ответил: «Я соглашусь, когда в этой клетке со мной будут сидеть Кучма и Литвин».