C 1988 по 1990 год в КАДИ был секретарем Комитета комсомола.

В 1990 году Игорь Витальевич занимает должность заместителя директора Структурного подразделения городского штаба студенческого отряда.

В 1991 году переходит в МП «Транспорт» где занимает пост коммерческого директора.

В период с 1992 по 1994 год работал на должности коммерческого директора в АО «Биржевой дом «Украина».

В 1994 году переходит в Закрытое акционерное общества «Украинский промышленно-инвестиционный концерн», где до 2005 года работал сначала на должности первого заместителя генерального директора, а затем занял должность первого вице-президента.

В период с 1998 по 2006 год Игорь Кононеко в Акционерном коммерческом банке «Мрия» возглавлял наблюдательный Совет.

С 2004 по 2006 год занимал пост главы Наблюдательного Совета в Открытом акционерном обществе «Киевское автотранспортное предприятие — 2240».

В 2007 году возглавил наблюдательный совет в ОАО СК «Краина». В 2012 году занимает пост главы наблюдательного совета в «ЗНКИФ «ВИК».