После победы Владимира Зеленского должность руководителя Офиса президента прочили именно Сергею Шефиру. Однако президент решил иначе и  назначил его своим первым помощником, мотивировав  это полным доверием к старому товарищу. Досье Сергея Шефира знакомит с его основными обязанностями на новом месте. В первую очередь это организация ежедневной работы главы государства. Через него проходит весь поток писем, заявлений, обращений, звонков, просьб, подписей и поручений. Сергей Шефир готовит основные положения выступлений президента, является его коммуникатором для тайных контактов и переговоров. Были ожидания, что первый помощник сразу же станет конфликтовать с руководителем ОП Андреем Богданом, но этого не произошло. В интервью через месяц после назначения Сергей Шефир высоко оценил деловые качества Богдана и способность к командной работе.

На вопрос о главной задаче, которую он ставит перед собой на этом посту, первый помощник ответил, что сделает все, чтобы в политике Владимир Зеленский оставался человеком. «Корона у него уже и так никогда не вырастет, потому что он был достаточно популярным человеком», — сказал Шефир о своем руководителе. Он добавил, что его обязанность всегда говорить президенту правду.

Сразу после победы, когда команда Зеленского демонстрировала «открытость и прозрачность» перед обществом, Сергей Шефир дал интервью LB.ua (июль 2019). Оно позволяет понять его позицию по ряду важных вопросов. В частности, Шефир считает, что их команда способна убедить Путина пойти на прямые переговоры с Зеленским, что следует ограничить возможность покупки медиаресурсов для людей, которые имеют с Россией общий бизнес, что нужно всех олигархов посадить за стол переговоров и заставить работать на Украину по единым правилам. Он высказался против проведения военных парадов, против запрета на въезд российских артистов в Украине. Так как Шефир работает от патронатной службы, то считает, что ее сотрудники не должны заполнять декларацию.

Учитывая, что до назначения на должность в Офис президента у Сергея Шефира не было ни скандалов, ни проблем со СМИ, то в первый же месяц работы он получил этого в изобилии. Сначала ему помог брат Борис, заявивший в интервью, что считает Путина умным человеком с которым можно договориться, а также негативно высказавшийся о языковой закон и квотах на украинский язык на радио и телевидении. Эти высказывания возмутили общество, Сергей выступал с опровержением, в Офисе президента заявили, что все это лишь личное мнение Бориса Шефира.

Потом и сам первый помощник президента попал в скандал, когда журналисты обнаружили его среди участников празднования юбилея Георгия Суркиса. Общественность считала неприемлемыми личные контакты представителей новой власти с деятелями пророссийских партий.

Программа «Схемы: коррупция в деталях » проводила журналистское расследование о неформальных контактах Офиса президента. Было установлено, что поздно вечером в октябре 2019 года Сергей Шефир побывал в офисе Коломойского. На вопрос о содержании тайных договоренностей, первый помощник все опровергал, мол, был по делам «Студии Квартал 95 «. А 31 августа 2020 «Схемы » снова зафиксировали тайный визит Шефира, на этот раз в имение Рината Ахметова. Когда журналисты снова атаковали его с вопросами, он коротко ответил, что не делал ничего, что противоречит интересам страны.

Шефира называют «серым кардиналом» Зеленского. Следует учесть, что помощник президента — человек не публичный. Видимо, поэтому досье Сергея Шефира достаточно бедно на скандалы и яркие события.

22 сентября 2021 возле села Лесники совершили покушение на Сергея Шефира. В авто, в котором ехал Шефир с водителем попало десяток пуль, водитель ранен, Шефир отделался испугом. Нападение на Шефира уже окрестили «приветом Зеленскому» от олигархов.