Семена Семенченко также обвиняют в создании ЧВК, которая, в частности, действовала в интересах олигарха Игоря Коломойского. Кроме того, он заявлял, что готовил партизанские отряды под кураторством военной разведки. Также его и нардепа Евгения Шевченко подозревают в организации схем по ввозу вне таможенного контроля военных запчастей и товаров двойного назначения из РФ. В 2021-м издание «Цензор.нет» сообщило, что дело против Семенченко ведется по запросу КГБ Беларуси. Кроме того, СБУ подозревает его в организации обстрела ныне закрытого телеканала «112», принадлежавшего пророссийскому экс-нардепу Виктору Медведчуку. 

В начале полномасштабного вторжения Семенченко находился в СИЗО, но вышел из него и оказался под домашним арестом. Несмотря на судебный процесс, он сотрудничает с военными, организует тренинги по специальной военной подготовке и занимается производством дальнобойных беспилотников. Также неоднократно выполнял боевые задания на фронте, но для выезда из Киева начальнику ГУР МО Кириллу Буданову приходилось спрашивать письменное разрешение у судьи на выезд военного из столицы.