Вся трудовая деятельность Малюка связана с силовыми структурами. Службу Василий начинал с самых низов, был опером в одном из региональных управлений. За 15 лет карьеры выслужился до руководителя отдела по борьбе с коррупцией и организованной преступностью. Был заместителем начальника управления. Известно, что Василий принимал участие в Антитеррористической операции на Донбасса.

В марте 2020 года Малюк занял пост первого заместителя главы СБУ, руководителя Главного управления по борьбе с коррупцией и организованной преступностью Центрального управления. В феврале 2022 году непродолжительное время он был заместителем министра внутренних дел Дениса Монастырского. 

В марте Малюк вернулся в СБУ на свой пост первого заместителя главы ведомства. Тогда же он получил звание бригадного генерала. Летом 2022 года после отставки Ивана Баканова Малюк стал исполняющим обязанности главы СБУ. Тогда же вошел в состав Совета Нацобороны и безопасности.

В то время, когда Малюк был временно исполняющим обязанности руководителя СБУ, ведомство успело провести ряд обысков на территории храмов и монастырей, которые относились к УПЦ МП – в частности, в Киево-Печерской Лавре и западных регионах Украины.

Также ведомство провело несколько громких расследований, в результате которых были предъявлены подозрения, в том числе фигурантке дела о присвоении средств Укрнефти и Укртатнефти, а также участникам других коррупционных скандалов.

В конце года Василий повышен в звании до генерал-майора. В начале февраля 2023 года Верховная Рада 324 голосами утвердила его в должности руководителя СБУ.