10 сентября 2015 года Служба безопасности Украины объявила Лукаш в розыск, подозревая ее в совершении преступления, предусмотренного ч.5 ст.191 Уголовного кодекса (присвоение, растрата или завладение имуществом путем злоупотребления служебным положением). Следствие считало, что Елена Лукаш, злоупотребляя обязанностями министра юстиции, по сговору с другими работниками Минюста фактически искусственно провела тендерные процедуры с целью реализации общегосударственной программы адаптации законодательства Украины к законодательству ЕС. В процессе реализации этой программы, как утверждает прокуратура, она завладела государственными средствами в размере более 2,5 млн. гривен.

5 ноября 2015 прокурор ГПУ Владислав Куценко сообщил во время пресс-конференции в СБУ, что Елена Лукаш вернулась в Украину, и была задержана в Киеве[24].

6 ноября Печерский районный суд Киева избрал Елене Лукаш меру пресечения в виде 2-месячного содержания под стражей с альтернативой освобождения под залог 5,1 млн гривен [25]. Залог был внесен президентом компании «Смарт-Холдинг» и депутатом Верховной Рады Вадимом Новинским.

20 ноября 2017 года Генеральный прокурор Украины Юрий Луценко заявил, что его заместитель Анжела Стрижевская не согласовывает сообщение о подозрении Елене Лукаш из-за отсутствия собранных доказательств. Также сообщение о подозрении не было подписано другим заместителем генпрокурора Юрием Столярчуком.

13 марта 2018 года Луценко заявил, что следствие на тот момент не нашло доказательств вины Елены Лукаш.

Лукаш также инкриминируется завладение бюджетными средствами в особо крупных размерах. В частности, выделены Министерством юстиции деньги на закупку услуг по адаптации законов Украины к законодательству ЕС. По данным генпрокуратуры, Елена таким образом присвоила 2,5 млн. грн.