В 1985 году Котин по распределению после института попал на работу на Запорожскую атомную электростанцию в городе Энергодар. Начинал в качестве оператора реакторного цеха. Через девять лет стал начальником управления на АЭС.

В 2003 году Петр переходит на работу в дирекцию госпредприятия НАЭК “Энергоатом”. На протяжении пятнадцати лет он занимал должность руководителя инженерно-технического департамента.

В середине “десятых” неоднократно был в составе комиссий МАГАТЭ, которые проверяли эксплуатацию и безопасность на атомных электростанциях по всему миру: от Пакистана до Франции, от Финляндии и до Арабских Эмиратов.

В 2014 году Котин возглавил проект Энергоатома “Энергетический мост Украина — ЕС”. Петр руководил им на протяжении пяти следующих лет до оглашения конкурса Министерством энергетики и угольной промышленности по выбору инвестора на реализацию проекта.

С 2018 по 2019 год Котин был директором по производству — заместителем исполнительного директора по производству. В это же время Петр прошел аттестацию и получил лицензию Государственной инспекции ядерного регулирования Украины. Это позволило ему заниматься организационно-распорядительной деятельностью, связанной с обеспечением ядерной и радиационной безопасности.

Руководил технической комиссией при тендерном комитете компании Энергоатом. В 2019 год вернулся на Запорожскую АЭС. До апреля следующего года Котин был генеральным директором атомной станции.

Затем Петр стал исполняющим обязанности президента НАЭК Энергоатом, а с мая 2022 года официально возглавил государственное предприятие.

В октябре того же года Котин заявил, что будет дистанционно руководить захваченной российскими войсками Запорожской АЭС. Он призвал оставшихся на станции сотрудников не подписывать договора с россиянами.