После — служил на Черноморском флоте Министерства обороны СССР в частях, которые занимались подводной диверсией, это — так называемая морская разведка. После окончания в 1988 году школы КГБ служил в Севастополе в особом отделе. До сентября 2005 года работал в СБУ. Я прошел путь от оперуполномоченного, прошел почти все ступеньки руководства: был начальником отдела, начальником службы, начальником управления и дошел до заместителя председателя Службы безопасности Украины. Получил досрочно звание полковника за проведение специальной операции, о которой много рассказывали. Эта операция была связана с ликвидацией преступной группировки, в которую входили американские, украинские и граждане других стран Европы, которые были связаны с наркобизнесом. Это был 2002 год, — рассказывает Андрей Кожемякин (Ура-информ, 25 октября 2006 г.). Отец — Анатолий Кожемякин долгое время работал в СБУ, погиб при достаточно странных обстоятельствах в ноябре 2005 года. Он утонул в Сухом лимане в Одесской области, находясь на пассажирском сидении автомобиля.Как утверждает Александр Турчинов, именно Кожемякин поставил вопрос об опасности РосУкрЭнерго. Кроме того, Андрей Анатольевич был среди тех, кто пытался задержать Алексея Пукача, который находится в международном розыске по делу об убийстве журналиста Георгия Гонгадзе. Этому, по мнению экс-замглавы СБУ, помешала Генеральная прокуратура. Она, по его словам, разгласила информацию о пребывании Пукача на территории Израиля.