Больше всего критики и скандальных обвинений в адрес Хомчака поступало относительно его непосредственного руководства Иловайской операцией. Среди десятков обвинений в адрес генерала были и справедливые, и сомнительные, и вовсе абсурдные.

Среди справедливых обвинений следует указать на неверную оценку Хомчаком сил сепаратистов, оборонявших Иловайск, их вооружения. Есть факты, что он игнорировал данные разведки о входе российских войск на территорию Украины и угрозу окружения. Однако подобные просчеты были типичными для первого этапа войны на Донбассе и опыта подобных боевых действий ВСУ в то время не имели.

Что до сомнительных обвинений, то они касаются в основном прорыва из окружения. Некоторые участники АТО утверждают, что именно Хомчак приказал прорываться с оружием. Другие заявляют, что он покинул войска и выходил из окружения безопасным путем. Однако подобные упреки опровергают другие участники тех событий, в том числе бойцы и командиры, которые прорвались из окружения вместе с Хомчаком и могли ежеминутно погибнуть, как и он.

Хватало и абсурдных обвинений, дескать, генерала завербовали российские спецслужбы и в Иловайске он информировал врагов о местонахождении украинских подразделений, беспричинно удерживал войска в городе, чтобы дать время их окружить.

События в Иловайске расследовала и временная следственная комиссия Верховной Рады, и военная прокуратура. Андрей Сенченко (член ВСК) указывал, что Хомчак был едва ли не единственным, кто не боялся открыто давать показания по Иловайску. А военная прокуратура установила, что подавляющее большинство обвинений против генерала безосновательны. Кроме того, Хомчака поддержали Юрий Бутусов, Андрей Тетерев, другие добровольцы и общественные деятели.

После назначения генерала начальником Генерального штаба появились скандальные публикации, утверждающие, что этого указа Зеленского добился Игорь Коломойский, и Хомчак — человек олигарха. Однако журналисты выяснили, что существенных контактов между Коломойским и Хомчаком не было даже в 2013-14 годах. Генерал дружил и решал все вопросы в основном с Геннадием Корбаном, который уже давно не представляет интересов Коломойского.

В 2020 году известный певец и активист Тарас Тополя обвинил Хомчака в махинациях со служебными квартирами, мол, генерал  опять получил государственную квартиру, а предыдущие три, полученные в других местах службы, он приватизировал и продал. Этот скандал не получил особого распространения, поскольку Хомчак документально доказал, что служебное жилье он вернул государству в полном объеме, а новую квартиру получил на законных основаниях, с учетом изменения места службы и семейного положения.

Громкий скандал возник после реакции главнокомандующего на гибель на Донбассе бойца. Руслан Хомчак, комментируя гибель морского пехотинца Ярослава Журавля в июле 2020 года, заявил, что приказа на разведку в «серой зоне» не было. Таким образом, Хомчак переложил ответственность за смерть военных на них самих, назвав их действия «самодеятельностью». Такая позиция Хомчака возмутила военных и общественность и вызвала шквал критики в адрес главнокомандующего ВСУ.

Весной 2021 главнокомандующий не испугался скандала и раскритиковал ситуацию с закупкой продовольствия в Министерстве обороны. Он указал, что качество пищи в войсках значительно ухудшилась. Генерал сказал журналистам, что докладывал об этих проблемах, но они так и не решаются из-за различных коррупционных рисков. Волонтеры установили, что монополистом закупок продуктов для армии стала компания «Вийськсервис — Волонтер», которая с огромной наценкой поставляет в ВСУ испорченные продукты. А жалобы на качество этой продукции Минобороны игнорирует, что, очевидно, и является тем коррупционным риском, о котором говорил главнокомандующий.