17 октября 2019 года генпрокурор Руслан Рябошапка подал в НАБУ и САП заявления о привлечении Дубневича к уголовной ответственности, обвинив его в присвоении 93 млн грн Укрзализныци.

31 октября 2019 года Верховная Рада проголосовала за снятие депутатской неприкосновенности, задержание и арест Ярослава Дубневича по уголовному делу о присвоении денег «Укрзализныци».

Дубневич был арестован с правом внесения залога в 90 миллионов гривен, который был внесен. 8 ноября 2019 народный депутат вышел из СИЗО.

22 апреля 2020 года антикоррупционная прокуратура завершила досудебное расследование по делу Дубневича и тендеров «Укрзализныци» и передала материалы уголовного производства на ознакомление фигурантам.

Дубневич предположительно является организатором схемы присвоения 93,2 миллиона гривен филиала «Центр обеспечения производства» ПАО УЗ во время поставки товаров по завышенным ценам в 2015-2017 годах. По данным детективов, как председатель комитета Верховной рады по транспорту, он якобы организовал и создал условия для закупки элементов пути за счет средств предприятия УЗ с нарушением законной процедуры, по завышенным ценам. Вместо переговорной процедуры закупки, как считает следствие, нардеп организовал проведение процедур открытых торгов с привлечением подконтрольных предприятий – ООО «Арго» и ООО «Корпорация КРТ», что повлекло нанесение ущерба на сумму 93,28 млн грн.

НАБУ и САП завершили расследование в отношении действующего нардепа по делу о незаконном завладении природным газом и незаконной реализации его на сумму 2,1 миллиарда.

«Как установило следствие, подконтрольные нардепу предприятия-владельцы Новояворовской и Новороздольской ТЭЦ (Львовская обл.) заключили ряд соглашений о закупке у НАК «Нафтогаз Украины» природного газа для производства тепла для населения (в течение 2013-2017 годов — ЭП). С целью удешевления отопления для этой категории потребителей НАК поставлял коммерческим ТЭЦ газ по ценам, существенно ниже рыночных», — говорится в сообщении.