26 марта 2022 года украинские правоохранительные органы провели обыск в квартире Погребинского в Киеве. Следователи заявили, что возглавляемый Погребинским «Киевский центр политических исследований и конфликтологии» на постоянной основе изучал настроения украинского общества, а полученная информация передавалась российскому руководству для планирования политики в отношении Украины. По словам украинских правоохранителей, «Погребинский готовил и передавал в РФ советы по информационным спецоперациям против Украины». Также сообщалось, что во время обыска у Погребинского были выявлены результаты опросов, где «якобы 46 % украинцев поддерживают президента РФ Владимира Путина». По факту обысков было возбуждено производство по ст. 111 (Государственная измена) и ст.191 (Присвоение, растрата имущества или завладение им путем злоупотребления служебным положением) Уголовного кодекса Украины. 27 марта Погребинский был задержан в Киеве украинскими правоохранителями.

Сообщалось, что в апреле 2022 года он покинул Украину. В июне Киевская городская прокуратура без указания имени, сообщила о предъявлении «политтехнологу и активному политическому комментатору» заочного обвинения в государственной измене. По версии следствия, Погребинский вёл подрывную деятельность против страны, выступая на российских телеканалах.