В 1992 г. Евгений Перебейнос стал 2-м секретарем Управления информации МИД Украины. В 1994 г. Евгения Перебейноса повысили до 1-го секретаря Посольства Украины в Чехии. Через четыре года перешел в АП, где стал главным консультантом замглавы отдела Главного управления по вопросам внешней политики.

С 2000-го Евгений Перебейнос — советник посольства в Греции. Через год — в Чехии. А в 2004 г. возвращается в АП, где занимает пост главы департамента двустороннего и регионального сотрудничества Секретариата президента страны.

В 2006 г. Евгений Петрович Перебейнос становится генконсулом Украины в Словакии. Через два года его ждет новая должность в качестве Чрезвычайного и Полномоченого Посла Украины в Королевстве Швеции. А в 2015 г. в Латвийской Республике.