В 2017 году Артур Емельянов участвовал в конкурсе на занятие поста судьи во вновь формирующемся Верховном суде (который создан согласно судебной реформе после переформатирования работы трех Высших судов и Верховного суда Украины). В это же время Генеральная прокуратура и ряд политических активистов активизировала давление на судью через надуманные уголовные преследования.

В частности, Генеральный прокурор Юрий Луценко заявил, что у следствия есть около 7 тыс. эпизодов возможного вмешательства А. Емельянова в систему распределения дел в суде в бытность главой Хозяйственного суда г. Киева. Обвинения ГПУ основаны на показаниях одной судьи этого суда — Аллы Прыгуновой — которая заявила о таком вмешательстве, а также о имевшем место давлении со стороны А. Емельянова с целью принятия конкретных решений.

Против А. Прыгуновой возбуждено сразу несколько уголовных дел о взяточничестве, мошенничестве и вымогательстве. Других свидетелей, которые бы могли бы подтвердить влияние А. Емельянова на автоматическую систему распределения дел, нет.

Емельянов считает процесс против себя политическим. За применение неправомерных методов процессуального воздействия следователей и суда, он подал иск о нарушении своих гражданских прав в Европейский суд по правам человека. В настоящее время ЕСПЧ иск Емельянова принят к рассмотрению и ожидается разрешение спора в ближайший год.

В июле 2015 года в Лихтенштейне были арестованы счета панамской фирмы, которую Украинская Прокуратура пыталась связать с судьям Емельяновым. Однако, из-за отсутствия доказательной базы дело было закрыто по инициативе судьи Лихтенштейна, счета были разморожены, а средства на счетах были переданы реальным владельцам.

Судья Емельянов так же неоднократно являлся фигурантов заказных субъективных журналистских расследований и не правдивых заявлений в украинских СМИ.

17 июня 2024 года — Печерский районный суд Киева наложил арест на банковские счета, земельные участки, транспортные средства и корпоративные права в ряде предприятий, владельцами которых выступают экс-заместитель председателя Высшего хозяйственного суда Украины Артур Емельянов и члены его семьи – бывшая супруга Светлана Емельянова, двое их сыновей и невестка.