Несмотря на то, что Жвания был одним из давних и самых весомых спонсоров Нашей Украины и избирательной кампании Ющенко, на выборах-2006 ему в списке блока было отведено лишь 69-е место. Поводом для отхода на задний план послужил скандал, во время которого на ближайшее окружение президента посыпались обвинения в коррупции и использовании власти в личных целях. С подачи Тимошенко политик оказался в компании «любих друзів» президента, которым, кроме всего прочего, поставили в вину еще и развал «оранжевой» коалиции образца 2004-2005 гг. Сам Жвания в долгу перед Леди Ю не остался, в свою очередь обвинив ее в разных грехах. Так, по словам бывшего члена Кабмина, Тимошенко не собиралась отказываться от схемы газоснабжения Украины с участием Росукрэнерго, а только лишь планировала заменить этого трейдера на близкую к ней Итеру. Впрочем, спустя пару лет напряженность в отношениях политиков угасла.
На выборах-2006 Нашей Украине пришлось отбиваться от обвинений в том, что к финансированию избирательной кампании Ющенко имел отношение опальный и скандально известный российский бизнесмен Борис Березовский. А лично Жвании довелось убеждать публику в том, что не было ни финансирования, ни его персонального посредничества в нем. Причем иногда форма убеждения выглядела скандально. «Купить вонючку Березовского в Лондоне — это недорого», — заявил политик в одном из телеэфиров.
В ноябре 2006-го политик покинул ряды НСНУ. «Сейчас Наша Украина не представляет, как и куда ей двигаться…», — сказал тогда депутат. По словам Жвании, он планировал остаться в партии в случае, если она сможет мобилизоваться и начать принимать стратегические решения, но этого не случилось. После этого он принял активное участие (в том числе финансовое) в становлении и раскрутке нового политического проекта Народная самооборона, лидером которого стал Юрий Луценко, на тот момент — бывший глава МВД.
В мае 2008 года неожиданно для многих Секретариат президента Ющенко и Генпрокуратура инициировали расследование обстоятельств получения Жванией в начале 1990-х украинского гражданства. Якобы при оформлении документов с подачи грузинского бизнесмена в них были внесены заведомо неправдивые данные. Сам Жвания назвал разбирательство политической расправой. И, в свою очередь, поставил под сомнение уже «укоренившийся» в сознании общества факт отравления Ющенко. А также назвал высокопоставленного кума предателем идеалов Майдана, а его Секретариат во главе с Балогой — оплотом беззакония, помогавшим сформировать коалицию в составе Партии регионов, Соцпартии и КПУ.
Параллельно с Жванией проблемы правового характера возникли у министра внутренних дел и главы Народной самообороны Луценко. По мнению некоторых экспертов, жизнь лидеров «самообороны» осложнилась в связи с тем, что это крыло пропрезидентского блока НУНС открыто отказалось плыть в фарватере, указанном Секретариатом президента Ющенко, а сотрудничество с Блоком Юлии Тимошенко, на взгляд Банковой, приняло радикальную форму.