Его политическая деятельность Нестора Шуфрича началась в 1997 г., после того как Нестор Иванович Шуфрич познакомился с Виктором Медведчуком. Нестор Шуфрич вступил в ряды Социал-демократической партии и через год стал зам секретаря областного комитета в Закарпатье.

Спустя короткое время Нестор Шуфрич стал нардепом ВРУ, а затем — членом политического бюро Социал-демократической партии Украины.

Работая в ВРУ, Нестор Шуфрич был в составе парламентского комитета по делам экономической политики, управления народного хозяйства, инвестиций и собственности. Два года, до 2002 г., Нестор Шуфрич  работал замглавы Комитета по делам бюджета и наряду с этим был членом Контрольной комиссии Рады.

Нестор Шуфрич с самого начала своей политической карьеры являлся членом национального совета по молодежной политике при главе страны.

Нестор Шуфрич в 2002 г. снова баллотировался в Верховную Раду по своему округу, но успехом его предвыборная кампания не увенчалась. Поэтому сделал еще одну попытку – участвовал в повторных выборах в ВРУ по округу Черкасской области. На этот раз ему повезло. Шуфрич Нестор Иванович стал народным избранником.

Войдя в ВРУ, Нестор Шуфрич занимался делами бюджета. А через год у него прибавилось обязанностей в связи с тем, что он стал заместителем своего давнего знакомого Виктора Медведчука.

Будучи государственным служащим Нестор Шуфрич не забывал и о науке, поэтому в 2004 г. он стал кандидатом экономических наук.  Его работа называлась «Развитие и трансформация аграрного производства в Венгрии».

В 2004 г. Нестор Шуфрич выступил ярым противником Виктора Ющенко, отдав предпочтение противоборствующей партии. В декабре этого же года Нестор Шуфрич стал уполномоченным представителем Виктора Януковича. Во время инаугурации Ющенко Нестор Шуфрич, посетивший это мероприятие, был атакован поклонниками нового президента. Нестор Шуфрич получил сотрясение мозга, но в последствии попросил закрыть уголовное дело так как простил нападавших.

В 2005 г. Нестор Иванович Шуфрич стал заместителем председателя СДПУ(о). Он так же продолжал защищать интересы Виктора Януковича, за что попал под горячую руку сотрудников правоохранительных органов.

В 2006 г. Шуфрич Нестор Иванович решил сменить политическую ориентацию и вступил в ряды оппозиционного блока «Не так!», который возглавлял Леонид Кравчук. В апреле этого же года была еще одна неудавшаяся попытка Нестора Шуфрича пробиться в Верховную Раду Украины. Но вместо этого он попал в ВР АРК.

В 2006 г.Нестор Шуфрич был назначен министром по вопросам чрезвычайных ситуаций и защиты населения от последствий чернобыльской катастрофы. Но в августе 2007 г. Виктор Ющенко подписал приказ об отставке Нестора Шуфрича. Но оказалось, что этот вопрос не может решать президент страны. Только депутаты Рады могут принять решение об отставке человека, занимающего такой пост.

Остался работать на своем месте Шуфрич Нестор Иванович. Последние новости вселили в него оптимизм. Он понял, что даже если он чем-то неугоден президенту, ВРУ не допустит его отставки.

Он покинул свой пост в министерстве в декабре 2007 г , когда премьер-министром Украины стала Юлия Тимошенко.

В 2010 г. Нестор Иванович Шуфрич после очередных выборов президента был снова назначен  министром по ЧС. Но проработал недолго. Спустя несколько месяцев Нестор Шуфрич стал работать секретарем Совета национальной безопасности и обороны Украины. Работа в СНБО не сильно вдохновляла его на трудовые подвиги. Большую часть времени он был либо в отпуске, либо на больничном.

В ноябре 2012 г. он оставил свой пост так как стал нардепом от «Партии регионов».

В 2014 году Нестор Шуфрич снова стал участвовать в предвыборной гонке в ВРУ. На этот раз – от  Оппозиционного блока.