В 1998 году избирается городским главой города Мукачево.
В 1999 году Балога назначается председателем Закарпатской облгосадминистрации, с данной должности был уволен в 2001 году, в связи с добровольным заявлением.
В 2002 году одновременно избран народным депутатом и городским главой, но отдал предпочтение работе в парламенте Украины. В Верховную раду Украины прошел по списку «Наша Украина». В парламенте работал в комитете, который занимался вопросами управления народным хозяйством, экономической политикой, инвестициями и собственностью.
В 2004 году принимал участие в избирательной компании городского головы Мукачева, но одержать победу не смог. Позже выборы били признаны недействительными по причине фальсификации их итогов.
Во время президентской избирательной компании в 2004 году Виктор Балога был доверенным лицом Виктора Ющенко в Закарпатской области.
В 2005 году занимает должность председателя Закарпатской облгосадминистрации.
08 сентября 2005 года Балога написал заявление о снятии с себя полномочий народного депутата Украины.
В том же году Балога был освобожден с занимаемой им должности председателя Закарпатской облгосадминистрации.
27 сентября 2005 года Балога занял должность Министра Украины по вопросам чрезвычайных ситуаций.
В 2006 году занимает наивысший пост за всю свою карьеру — главы Секретариата Президента Украины, на то время главой государства был Виктор Ющенко.
В 2008 году Балога принимает решение о выходе из партии «Наша Украина», после чего он создает новую политическую силу «Единцый центр».
В 2009 году по собственному желанию освобожден от занимаемой им должности Главы Секретариата Президента Украины.
12 ноября 2010 года Балогу повторно назначают на должность Министра Украины по вопросам чрезвычайных ситуаций. На этом посту находился до 9 декабря.
В 2012 году принимает участие в парламентских выборах и становится народным депутатом Украины.

ОБЕЩАНИЯ

10 Февраля 2012 года: обещает украинцам весну без апокалипсисов
15 Марта 2012 года: обещает систему 112 до конца 2013 года
18 Апреля 2012 года: обещает укрыть ЧАЭС до 2015 года
27 Июня 2012 года: обещает провести в парламент своих братьев
7 Августа 2012 года: обещает прервать предвыборный отпуск в случае форс-мажора

КОМПРОМАТ

Развитие бизнеса Виктора Балоги связывают с Михаилом Токарем, известным в Закарпатье криминальным авторитетом по кличке Геша. «Зеркало недели» имеет версию, что именно этот человек стоит за стартом бизнеса Балоги и его дальнейшего продвижения, в том числе и в политике.
В 2005 году подал в отставку Николай Гошовский — прокурор Закарпатской области. В интернет-издании «Обком» утверждают, что причина таких действий прокурора заключается в том, что он не захотел услышать «просьбы» нового губернатора — Виктора Балоги о том, чтобы по его фирмам закрыть 17 уголовных дел.
Многие интернет-издания неоднократно публиковали информацию о том, что пребывая на посту губернатора Балога активно воровал государственные деньги, используя для этого разного рода схемы.